Pliki mają swoje właściwości ale niezależnie od nich, obsługa plików zależy od oprogramowania. Podaje tu tylko przykłady programów które można wykorzystać. Wiele programów można znaleźć w bazie danych Samouczka lub samodzielnie w internecie. Najlepiej jest przetestować ich jak najwięcej bo każdy ma swoje wady i zalety. Twórcy Mugena udostępnili też swoje narzędzia, jednak te stworzone przez fanów silnika często są lepsze. Stworzono też programy ułatwiające konfigurację Mugena, dodawanie postaci i aren, itd.

Klika przykładowych programów:

Pliki tekstowe - Fighter Factory, Mugen Editing Ensemble. Wszystkie można edytować najprostszym edytorem tekstowym, jednak nie polecam pracy w takim programie jak np. Notatnik. Jego ograniczenia tylko utrudnią pracę, bardziej już polecam programy takie jak: OxEdit, Notepad++, Notepad2.

SFF - Fighter Factory, Mugen Editing Ensemble, Mugen Character Maker.

SND - Fighter Factory, Mugen Editing Ensemble, Mugen Character Maker.

FNT - Font Factory.

ACT - Act File Editer, Fighter Factory.

AIR - Fighter Factory, Mugen Editing Ensemble, Mugen Character Maker.

Przykład wyglądu kilku programów:

Mugen Character Maker (MCM)

Act File Editer

Fighter Factory (FF)

Font Factory

Mugen Windows Configurator

Mugen Screenpack Selecter